根据老师提供的单细胞转录组课程、有参转录组课程和代码,对KEGG富集分析的代码进修修改,执行此代码Rscript $scripts/enrichKEGG_pip.r --gene.list FindMarkers.deg.Enterocyte.AvsB.tsv -o KEGG -n deg.Enterocyte.AvsB --pvalueCutoff 0.05 --ann.db org.Ss.eg.db --organism ssc --idtype SYMBOL后,依然报错
单细胞转录组 富集分析只支持人和小鼠的;目前不支持猪的;
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猪的单细胞测序数据,并不是非模式动物的。 -ann.db org.Ss.eg.db --organism ssc 都修改了,按照要求GO的就能正常分析,KEGG就不能。还想提一个小建议:脚本用起来都很方便,就是有时候有些局限性,希望老师能够更新一下。