猪单细胞数据差异基因KEGG富集分析

根据老师提供的单细胞转录组课程、有参转录组课程和代码,对KEGG富集分析的代码进修修改,执行此代码Rscript $scripts/enrichKEGG_pip.r --gene.list FindMarkers.deg.Enterocyte.AvsB.tsv -o KEGG -n deg.Enterocyte.AvsB --pvalueCutoff 0.05 --ann.db org.Ss.eg.db --organism ssc  --idtype SYMBOL后,依然报错attachments-2024-07-wl2pfehq66855e7c78be4.png

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

单细胞转录组 富集分析只支持人和小鼠的;目前不支持猪的;

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

猪的单细胞测序数据,并不是非模式动物的。 -ann.db org.Ss.eg.db --organism ssc 都修改了,按照要求GO的就能正常分析,KEGG就不能。还想提一个小建议:脚本用起来都很方便,就是有时候有些局限性,希望老师能够更新一下。

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  •  提出于 2024-07-03 22:22

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