猪单细胞测序数据拟时序分析时已知细胞分化起源,怎么修改代码?

猪单细胞测序数据进行轨迹分析时,已经知道分化的起源,想请教老师这个代码应该怎么修改?Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2.r -g mycelltype \

  -i subset.T.rds -p monocle2 \

  --order.gene.select.method monocle  --heatmap.gene 20 \

  --heatmap.clusters 4

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

默认是不能设置起源的,需要手动设置;

最近单细胞课程会更新,使用monocle3分析数据;

或者你使用RNA速率分析细胞发育;

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