在做GWAS关联分析，利用gapit软件发现不同模型产生的hd.$m.GWAS.Results.txt一模一样

(base) [jiangfl01@login STI]$ diff pvalue_MLM.txt pvalue_FaST.txt

(base) [jiangfl01@login STI]$ diff hd.MLM.GWAS.Results.txt hd.FaST.GWAS.Results.txt

(base) [jiangfl01@login STI]$ diff hd.EMMA.GWAS.Results.txt hd.EMMAx.GWAS.Results.txt

(base) [jiangfl01@login STI]$ diff hd.FaST.GWAS.Results.txt hd.EMMAx.GWAS.Results.txt

(base) [jiangfl01@login STI]$

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分类：GWAS

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2024-07-22 09:50

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

检查你的命令行是否有错误，是否把$m 全部都设置成一样的了

每天学习一点点 2024-08-27 16:45

用官网提供的demo数据去跑了一下gapit这几种不同的模型，得到的结果确实存在这种情况，流程和脚本没有问题，这种情况估计是不是样本之间的亲缘关系比较近，加上都是混合线性模型，所以得到的结果相似性比较高，你也可以用gapit他们提供的代码跑下，确实是也有这样的情况：https://github.com/jiabowang/GAPIT?tab=readme-ov-file#gwas

在做GWAS关联分析，利用gapit软件发现不同模型产生的hd.$m.GWAS.Results.txt一模一样

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