单倍型分析报错
我的问题是这样的，在进行单倍型分析的时候，利用教程给的demo数据，按照w.sh中的代码一步步操作，能正常分析，非常丝滑，但是我只要换成自己的数据，就会报错“Error in data.frame(Hap = haps, Type = infos) : arguments imply differing number of rows: 168, 0”。我已经检查了自己的文件，包括gff3文件，site文件，表型文件以及分组文件，对比了demo文件，可以非常确定，这些文件没有任何问题。进一步发现，在我的群体（共173个基因型）中，确实有5个基因型在目标size上是杂合或存在缺失，但是我查看了demo数据也发现，demo使用的群体是176个基因型，其中只有113个基因型在site位置是纯合的，但是它却没有因此而报错。另外，导致深究了以上报错的原因，发现是Error: hapSummary 和 group 文件的行数不一致。但是这两个文件本身完全不同，正常情况下就应该行数不一致。最后，我尝试了社区之前有人提供的解决方案，即将hap_analysis.r 脚本中hetero_remove = TRUE和na_drop = TRUE改成：hetero_remove = FALSE，na_drop = FALSE，但结果还是会报错。
报错界面如下：
运行的命令如下：
Rscript /work/scripts_v2/hap_analysis.r -v site.recode.vcf -g $GFF -p $trait4 -G data/group_delete.txt -c 7 -s 207511 -e 207555
其中的site.recode.vcf文件：
其中的$GFF：
其中的$trait4如下：
其中的data/group.txt ：
