感兴趣的区域LD热图不包括indel位点?

在利用咱们的GWAS分析课程进行感兴趣的区域LD热图绘制时,显示warning skip Indel site, there are total skip Indel sites number is : 105。

attachments-2024-07-pxauY8Ht66a45a85f2e31.png因为我的vcf文件中同时包括了snp和indel变异信息,有些indel位点与表型是显著关联的,我想保留indel位点,并在热图中与snp数据同时可视化,类似下图这样。请问应该怎么做,或者需要添加哪些参数?

attachments-2024-07-PRq90Xut66a45cc297447.pngps:查看了https://github.com/bgi-shenzhen/ldblockshow上的LDBlockShow说明书里头没有提到有关indel的其他细节说明。

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  • Changing 提出于 2024-07-27 10:29

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