最后报了文件没找到,你检查文件路径是否写错了;
源代码:####按metadata中的分组整理,不同分类水平分类汇总
mkdir -p collapse_table_group
mkdir -p collapse_table_group
for g in type time;do #这里的type group 来自metadata文件 #--p-mode <up to you, there's sum, median-ceiling, and mean-ceiling>
qiime feature-table group \
--i-table feature-table-final.qza \
--p-axis sample \
--m-metadata-file $metadata \
--m-metadata-column $g \
--p-mode sum \
--o-grouped-table collapse_table_group/feature_table_abs_$g.qza
#相对丰度 转换
qiime feature-table relative-frequency \
--i-table collapse_table_group/feature_table_abs_$g.qza \
--o-relative-frequency-table collapse_table_group/feature_table_rel_$g.qza
done
出现错误: