在运行这段代码时出现Invalid value for '--m-metadata-file': Metadata column is of type 'numeric', but expected Categorical.

源代码:####按metadata中的分组整理,不同分类水平分类汇总 

mkdir -p collapse_table_group

mkdir -p collapse_table_group

 

for g in  type time;do   #这里的type group  来自metadata文件  #--p-mode <up to you, there's sum, median-ceiling, and mean-ceiling>

  qiime feature-table group \

     --i-table feature-table-final.qza \

     --p-axis sample \

     --m-metadata-file $metadata \

     --m-metadata-column $g \

     --p-mode sum  \

     --o-grouped-table collapse_table_group/feature_table_abs_$g.qza

 #相对丰度 转换

  qiime feature-table relative-frequency \

    --i-table collapse_table_group/feature_table_abs_$g.qza \

    --o-relative-frequency-table collapse_table_group/feature_table_rel_$g.qza


done


出现错误:attachments-2024-07-xh1xU60j66a6ffebe801e.png

请先 登录 后评论

2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

最后报了文件没找到,你检查文件路径是否写错了;

请先 登录 后评论
JACK

attachments-2024-07-ZjnfCtPW66a74e3fdb524.png

请先 登录 后评论