关于基因受选择计算

老师您好,请问我用Fst看在两个群体中是否基因受到选择,我用到的命令是

vcftools --vcf sample.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out P_1_2 --fst-window-size 10000 --fst-window-step 1000
然后选取结果中top1%的区段和我基因区段做overlap,然后去看是否受到选择是对的么?
另外,如果用π和tajimaD都是需要分别计算两个群体的这个值,然后我需要怎么操作呢?是分别对两个群体做出来的结果取1%么?这个有点不太懂哈,请老师解答,谢谢!
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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

为减小假阳性,可以多个指标取交集;

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