老师您好,请问我用Fst看在两个群体中是否基因受到选择,我用到的命令是
vcftools --vcf sample.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out P_1_2 --fst-window-size 10000 --fst-window-step 1000
然后选取结果中top1%的区段和我基因区段做overlap,然后去看是否受到选择是对的么?
另外,如果用π和tajimaD都是需要分别计算两个群体的这个值,然后我需要怎么操作呢?是分别对两个群体做出来的结果取1%么?这个有点不太懂哈,请老师解答,谢谢!