50 docker GetOrganelle的批量组装

如何修改课程中使用的docker代码,以实现GetOrganelle的批量组装

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你的问题需要具体些,课程涉及的代码很多,不知道你要修改哪个,或者运行哪个代码是遇到问题?

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武宇霞

attachments-2024-08-owhf14te66b07dbfd4522.pngY2.sh.oattachments-2024-08-CwC8eYQx66b07db06113e.pngattachments-2024-08-o1ZamWaj66b07d998fb59.pngattachments-2024-08-ygC59QT166b07d84a59ed.pngwhile read a
do
    nohup get_organelle_from_reads.py -1 /work/YBF/"$a"R1.fq.gz -2 /work/YBF/"$a"R2.fq.gz -o "$a"_out -R 15 -k 21,45,65,85,105 -s /work/YBF/YBF.fasta -F embplant_pt >"$a".sh.o &
done < list.txt

感谢老师的提醒,在运行上述代码的时候,显示无法找到相关文件,您看应该怎么修改呢?

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  • 武宇霞 提出于 2024-08-01 16:22

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