这边报错显示你的gff3格式可能存在问题，少于8列，建议检查一下gff3
老师 就是Rhododendron_delavayi 和Rhododendron_irroratum这两种植物，我把它的fasta和gff3文件下载，然后做各物种的cds和pep文件提取，文件都能出来，但是就是出来的文件是空的，这个问题要怎么处理啊，麻烦老师帮我看一下，谢谢
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for species in Rhododendron_delavayi Rhododendron_irroratum; do genome=$datadir/$species.genome.fa.gz; gff=$datadir/$species.gff.gz; agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff $gff -o $species.longest_isoform.gff3; /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3 $species.longest_isoform.gff3 --fasta $genome --seqType CDS >$species.cds.fa;/share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3 $species.longest_isoform.gff3 --fasta $genome --seqType prot >$species.pep.fa;perl $scriptsdir/get_gene_longest_fa_for_OrthoFinder.pl -l 150 --gff $species.longest_isoform.gff3 --fa $species.cds.fa -p $species -o cds; perl $scriptsdir/get_gene_longest_fa_for_OrthoFinder.pl -l 50 --gff $species.longest_isoform.gff3 --fa $species.pep.fa -p $species -o pep; done