基因家族数据准备中,运行到保留蛋白编码基因这一步时运行完检查文件protein_coding.gff3,发现有些基因好像后面不是gene_biotype,这对后面的分析有影响吗?还是需要改一下代码
可以在保留蛋白编码基因这一步时将--attribute biotype选项中biotype改成gbkey;--value protein_coding选项中protein_coding改成mRNA。尝试一下对原始gff文件过滤。你现在应该是没有完成过滤,protein_coding.gff3文件中还有非编码蛋白
不过这不影响后续分析。可以直接进行后续分析