我们已按要求生成了pvalue.txt的软链接,接下来根据awk 'BEGIN{OFS="\t"}NR>1 && $3<1e-7{print $1,$2,$2,$3}' pvalue.txt |sort -k1,1 -k2,2n >pvalue.bed筛选关键的SNP时发现,生成的pvalue.bed文件不符合命令要求,我们是哦第一列、第二列、第二列、第四列,但生成的bed文件总是重复第四列,这个问题是出到哪里了呢?
pvalue.txt数据展示:
生成的bed的错误格式展示:
pvalue.txt 文件列的空白不是tab键,你检查一下,生成这个文件的命令是否错误。
看列分隔符可以用以下命令:
cat -A pvalue.txt|head
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好像合适着呢