gwas根据阈值筛选关联的SNP,并生成bed文件,排序时无法生成标准的bed文件

我们已按要求生成了pvalue.txt的软链接,接下来根据awk 'BEGIN{OFS="\t"}NR>1 && $3<1e-7{print $1,$2,$2,$3}' pvalue.txt |sort -k1,1 -k2,2n >pvalue.bed筛选关键的SNP时发现,生成的pvalue.bed文件不符合命令要求,我们是哦第一列、第二列、第二列、第四列,但生成的bed文件总是重复第四列,这个问题是出到哪里了呢?

pvalue.txt数据展示:

attachments-2024-08-81O9bvmG66c6e3476a750.png

生成的bed的错误格式展示:

attachments-2024-08-cQeROyiQ66c6e37781149.png

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

pvalue.txt 文件列的空白不是tab键,你检查一下,生成这个文件的命令是否错误。

看列分隔符可以用以下命令:

cat -A pvalue.txt|head
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per

attachments-2024-08-zj7sWtxj66c7005d24ce8.png好像合适着呢

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  • per 提出于 2024-08-22 15:07

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