做基因在染色体定位时,出现了问题

在分析基因家族时,做基因在染色体定位这步的时候,出现了问题,用#获得基因组染色体长度:

seqkit fx2tab --length --name  ../01.data_prepare/GCA_904845875.1_Mlu_assembly_genomic.fna|awk '{print $1,$NF}' >genome.len这条命令时,发现结果文件(如下图)里没有对应的染色体编号,请问应该怎么修改呢attachments-2024-08-e7lwmowS66cbece72eb31.pngattachments-2024-08-h8b2zEDv66cbed1a0e419.png这是输入的基因组序列文件

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1 个回答

rzx

结果文件genome.len中有两列,一列是输入序列文件的序列ID,一列是输入文件的序列长度。

你输入的序列文件中序列ID就是CAJGY开头的ID。代码运行的没有问题。

如果想要修改染色体ID,可以在最终配置文件 map_to_chr.txt中手动修改或者结果图中手动修改。注意修改之后保持整个分析中染色体ID一致

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  • 御坂妹110 提出于 2024-08-26 10:50

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