hmmer搜索结构域最后一步时遇到一个问题，我已经验证过每个基因在CDD数据库中都有WRKY结构域和锌指结构，但是后面做到蛋白质全长多序列比对分析用GeneDoc查看结构域时发现有些基因结构域不全，好多基因都没有锌指结构显示，我怀疑是

#截取得到序列上的保守结构域序列，注意多个结构域分开提取

#结构域位置

grep -v '#' WRKY_hmmerOut_final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==1 {print $1,$18,$19 }' >domain1_final.bed

grep -v '#' WRKY_hmmerOut_final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==2 {print $1,$18,$19 }' >domain2_final.bed

#截取序列

seqtk subseq  ../01.data_prepare/Mlu.gene.pep.fasta domain1_final.bed > WRKY_domain1_final.fa

seqtk subseq  ../01.data_prepare/Mlu.gene.pep.fasta domain2_final.bed > WRKY_domain2_final.fa

这一步把多余的结构序列剪了。怎么修改命令达到我的目的呢