hmmer搜索结构域

想修改WRKY_hmmerOut_final.txt中结构域的18、19列也就是结构域起始、终止位置,不知道具体在哪一列attachments-2024-08-LB93DIW466ced34f8b037.png,还有上一次默认做出来的图中发现后面普遍锌指结构不全,应该是要整体后移以下,如图:attachments-2024-08-Fm0W8FWO66ced4d520a64.png,结构域缺失较多的基因,CDD数据库中却显示有结构,是不是要个别调整一下,还是遇到了那种正负链结构不同的比如这种attachments-2024-08-5agSoqKK66ced46839823.png,是不是要从正链调整到负链,这种怎么调整呢

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1 个回答

rzx

你可以指出具体的基因。看多序列比对截图不完整看不出来那里有问题。

比对结果WRKY_hmmerOut_final.txt中第16、17列大都是 1-59 完整结构域。不会出现锌指结构不全的情况。结构里没有可能就是保守性太低。

结构域缺失较多的基因,CDD数据库中却显示有结构。可以看具体比对上的区域序列有没有锌指结构。

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  • 御坂妹110 提出于 2024-08-28 15:42

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