5 转录组数据怎么看测序深度？
最佳答案 2018-12-29 15:43
你好！
测序深度一般是用于重测序的概念，如果基因组是1G，测了10G的重测序，那就可以说测序深度有10×。
但是转录组不一样：
1. 首先转录组测到的是编码区，而编码区在整个基因组上的占比是很低的，一般来说2-10%，所以转录组测了6G不能认为深度就是6G；
2. 其次不同基因被测到的深度也是不同，这跟表达量有关；
3. 如果想知道自己的样品测序量是否满足实验要求，可以参考“转录组数据饱和度模拟图”
如上图所示，不同颜色的折线，代表了不同表达量基因随着抽样数据量增加，其被检测到基因数量的上升趋势。一般来说那几条代表高表达基因的折线很快就达到了顶部的话，数据就基本够了（实际意义比较复杂，这里只做简略讲解）。
如果你对手里的转录组分析结果不太懂的话，强烈推荐观察以下教程，看完之后就能够全面的了解自己手里的结果了。
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