有点不理解06.subset的代码,重新分析和03. seurat_cluster的代码很不一样,不用选integration的方法,也不用设置resolution和dimension。是因为rds文件已经包含了嘛?看运行过程,在reanalysis的时候,runpca前还是用log-transformation标准化了一下,这又是为什么呢?
我只拎了tumor cell这个cluster出来,然后reanalysis的umap感觉不同代数细胞好像是单独成簇的,正常嘛?
subset 仅仅只取子集,没有做其他聚类分群分析;如果有聚类分群结果也是之前的结果;
如果要重新聚类分析可以把这个subset的rds文件输入:03. seurat_cluster
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