5 老师，您好！想请教一下，这几个问题纠结了一个月了，麻烦老师了。
- 老师，您好！我做真核生物基因组转录变体，hg19与hg38的5UTR的注释位置有差异。我想为什么会存在差异。②真核基因组5UTR的位置是不是都通过算法预测加上RNA重新反推的还是有的是预测的没有实验验证?③老师我研究启动子，启动子一般在TSS上游1-2k内，但是在2004年的一篇英文文献研究的我这同一剪切体基因组启动子确定的TSS位置不一样，他们研究的启动子区是现在注释本的5UTR内。 最后一个就是哪里或哪个数据库可以调取hg18版本的基因组注释。 老师，这几个问题我纠结了一个月，麻烦您了，万分感谢！
最佳答案 2018-08-02 10:00
1.hg19和hg38不同的基因组版本，本身参考序列就有差异，反应在位置上也会有差异，正常的。真想看看差异，可以把不同版本基因组的对应的UTR序列截取下来看看有没有差异。
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其它 1 个回答
1. 不同的基因组版本，除了基因组序列不一致以外，基因的注释信息也有可能不太一样。一个基因有多个转录本，每个转录本都可能有5‘UTR，所以你要确定你研究的是基因的那个转录本。
2. 一般基因组的注释，如果有5‘UTR的注释，那么肯定是用转录组的数据进行了优化的，因为算法预测，一般是预测编码区。
3. 基因的一般都有多个转录本，每个转录本都有可能有5‘UTR， 你确定一下你研究的是哪一个转录本
4. hg18 的基因组可以从 http://hgdownload.cse.ucsc.edu/downloads.html 网站上下载