为了维持统计表格的一致性,还是建议再跑一次RepeatMasker。也可以手动统计,如果你有足够的linux基础,可以手动统计每个MITE类型的序列数目、序列总长度、在基因组的占比等,再手动写到表格里。但是你的gff也需要重新整理MITE信息。
可以参考后面一步RepeatMasker汇总重复信息再跑一次信息统计,命令如下:
RepeatMasker -e rmblast -gff -xsmall -html -norna -source -no_is -pa 线程数 -s -lib 所有重复序列的fa文件 contig.fa