10 picard处理后的bam文件被gatk识别为多个样本怎么办？
最佳答案 5天前
请截图 说明问题，没遇到过这样的问题；
你的bam文件生成的时候有问题吧；bwa比对的时候；是不是有错误；
你把你的分析过程命令贴一下才好给你说明问题；
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其它 1 个回答
sam文件流程:bwa mem -t 10 cankaojiyinzu.fa YZ26_T240604_0090_1.fq.gz YZ26_T240604_0090_2.fq.gz > YZ26.sam
bam流程: samtools view -bhS -t cankaojiyinzu.fa.fai -o YZ26.bam YZ26.sam
bam到去除重复都是按照重测序分析课程流程的命令进行的.gatk分析命令也是按照重测序课程进行的,
报错问题: A USER ERROR has occud: Argument emit-ref-confidence has a bad value: Can only be used in single sample mode currently. Use the --sample-name argument to run on a single sample out of a multi-sample BAM file.