比较基因组学第三步比对完有的.cds_aln.fasta为0,没有内容
导致#合并成supergeneseqkit concat aln_out/*.cds_aln.fasta.renamed > single_copy.cds_msa.fasta 为0
看一下比对的日志文件里面有没有报错说”将氨基酸序列(pep)转换为核酸序列(nuc)时发现了不一致性“,如果有的话,你找到对应基因ID的cds和蛋白序列检查他们之间是不是3倍关系。如果数量不多,可以把这样的基因对删除。
需要paraAT比对的log文件报错信息进一步确认。