发现
问答
发起
提问
文章
文章
更多
专家
讲堂
话题
财富榜
商城
Toggle navigation
首页
(current)
问答
文章
视频课程
话题
商城
搜索
登录
注册
按照您昨天提供的IndexFeatureFile 工具来构建gvcf文件索引时,依旧出现报错现象,无法索引,怎么办
索引
gvcf
GATK
index
0 条评论
分类:
重测序
请先
登录
后评论
默认排序
时间排序
1 个回答
安生水
2024-10-21 16:02
擅长:perl,基因家族,linux,chip-seq
如果你的样品少,可以用gatk直接生成vcf文件,就不要生成gvcf了
请先
登录
后评论
×
如果觉得我的回答对您有用,请随意打赏。你的支持将鼓励我继续创作!
您需要登录后才可以回答问题,
登录
或者
注册
关注
1
关注
收藏
0
收藏,
411
浏览
啊呀。
提出于 2024-10-19 14:48
相似问题
gatk无法利用csi索引
0 回答
老师们好,在生成gvcf文件合并vcf文件时,出现这种警告信息,请问是什么原因,如何处理啊?
1 回答
老师,在生成gbcf文件后,发现只运行了前三个染色体的,是我的代码有问题嘛?该怎么解决啊?参考基因组的fasta,fai文件都是好的,前期生成的bam文件也是好的,样品是四倍体,参考基因组是异源四倍体
1 回答
老师,我的db文件夹里显示了所有染色体都已经导入,但是在将gvcf转换成vcf时,发现在Lc2Ns染色体就结束完成了,这是正常现象嘛,是我使用的近源种参考基因组的原因嘛?我的是简化基因组测序的
1 回答
老师,问题比较复杂,麻烦您看一下详细的问题描述,小麦基因组
2 回答
老师,我有141个样品,现在IndexFeatureFile,tabix,bcftools都无法成功构建gvcf的索引,只有CSI格式能成功索引,这个格式在后续也用不了,这个gvcf索引还有其他的解决办法嘛,还是说我只能重新生成vcf文件了
1 回答
×
发送私信
发给:
内容:
×
举报此文章
垃圾广告信息:
广告、推广、测试等内容
违规内容:
色情、暴力、血腥、敏感信息等内容
不友善内容:
人身攻击、挑衅辱骂、恶意行为
其他原因:
请补充说明
举报原因: