建议用命令检查染色体数量:
cut -f 1 demo.vcf| sort|uniq -c
#压缩的
zcat demo.vcf.gz|cut -f 1 | sort|uniq -c
检查gvcf 里面的数据是不是全的。不全重新跑,输出的时候输入文件后缀不要加gz
检查你的db导入是不是漏掉染色体了;
由于下游的分析软件很少有支持多倍体的vcf的,一般多倍体也当做2倍体分析;--sample-ploidy 2
建议用命令检查染色体数量:
cut -f 1 demo.vcf| sort|uniq -c
#压缩的
zcat demo.vcf.gz|cut -f 1 | sort|uniq -c
检查gvcf 里面的数据是不是全的。不全重新跑,输出的时候输入文件后缀不要加gz
检查你的db导入是不是漏掉染色体了;
由于下游的分析软件很少有支持多倍体的vcf的,一般多倍体也当做2倍体分析;--sample-ploidy 2
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