课程中是用数量进行的TPS1/2/3命名，但是我感觉这个对研究命名好像没有什么意义，听课程里老师也是这么说的，因为是泛基因组中的，我按照别的问答中老师说pan.list用同源聚类，这个是26个玉米基因组中的TPS，我是否可以按照其中各基因组的基因都是OG0000→TPS1，OG00001→TPS2，这样可行吗，谢谢老师！
这个主要还是看你自己的研究内容，如果给家族基因命名的话，你也可以基于基因在染色体上的位置进行排序（比较推荐），当然像你说的直接按照从上到下的TPS1、TPS2往下排属于没什么生物学意义的排序方法，看你的分析目的。
