GATK做vcf合并的模块应该是CombineVariants吧，具体你可以看一下这篇文章：https://www.omicsclass.com/article/1732，里面有写如何做多个vcf的合并
老师，就是我把重测序个体分为三组进行SNP扫描，然后把三次扫描的结果进行合并，得到最后的扫描结果，可以这样操作吗，，下面是代码， 或者是有没有可以将其分开进行snp扫描 然后合并的其他方法，还请老师认真帮我解答 谢谢
2 个回答
擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS
样本多建议每个样本先生成GVCF，再合并。
你贴的haplotypecaller命令生成的是VCF不是GVCF，下面的代码合并会会报错：
大样本 call SNP 生成GVCF这部分内容重测序课程里面有，你看看的：点击学习：https://bdtcd.xetlk.com/s/1VQOjQ
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