重测问题

我再你们服务器上运行一些重测序命令的时候,例如,for i in $(cat $workdir/data/data.txt); do
echo "RUN CMD: fastp --thread 50 --qualified_quality_phred 10 \
    --unqualified_percent_limit 50 \
    --n_base_limit 10 \
    -i $datadir/${i}_1.fastq.gz \
    -I $datadir/${i}_2.fastq.gz \
    -o ${i}_1.clean.fastq.gz \
    -O ${i}_2.clean.fastq.gz \
    --detect_adapter_for_pe \
    -h ${i}.html -j ${i}.json"

fastp --thread 50 --qualified_quality_phred 10 \
    --unqualified_percent_limit 50 \
    --n_base_limit 10 \
    -i $datadir/${i}_1.fastq.gz \
    -I $datadir/${i}_2.fastq.gz \
    -o ${i}_1.clean.fastq.gz \
    -O ${i}_2.clean.fastq.gz \
    --detect_adapter_for_pe \
    -h ${i}.html -j ${i}.json \  
    
done

由于我的样本比较比较多,这个命令运行一半就会断开,有什么方法可以阻止这个命令断开?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

可以把命令写到一个sh文件里面,然后nohup后台运行;

购买我们的服务器登录的时候有个操作手册链接里面有说明,你可以学习一下;

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  • 随风 提出于 2024-12-03 08:41