5 基因家族分析 hmmer 第四讲

@小兰老师:您好!我按照《基因家族分析》视频课程学习第四课时,准备NB-ARC 的hmmer文件,运行结果domain.fa出现了输出结果为空,使用editplus 打开还是为空。请问是不是script 运行出现问题了?因为我看不懂perl 但是从课时4中下载下来的domain_xulie.pl 和您课时4 中运行的脚本不一样呐。

没有NB-ARC.txt 文件,下面所有的步骤都没有办法跟上。如何才能产生一个domain.fa 的文件呢?烦请解答一下哦!顺祝元旦快乐!

# 这是网页中提供的脚本

attachments-2018-12-myDGbo0a5c244e64e844b.jpg

# 这是课堂里您运行的脚本

attachments-2018-12-6Oph5gRJ5c244e7ae9ae4.jpg

#这是个人在attachments-2018-12-JpBWjP8h5c244e9503638.jpgbio-linux 运行的!


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最佳答案 2018-12-27 13:56

数据检查:

1.请检查NB-ARC.txt文件第一列ID与  拟南芥所有基因的蛋白序列文件中的ID是否一致;

2.最后的  evalue参数设置,1e-20   确保1是数字,我看像  L


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其它 1 个回答

港港

你好,请问domain_xulie.pl文件是在hmmer-3.1b2文件里吗?还是在哪里下载呢?


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  • 苏杨 提出于 2018-12-27 12:05

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