宏基因组单独组装后的contigs需要注明来源以构建基因丰度表,混合组装呢

for i in tail -n+2 $datafile/metadata_WRGB.txt|cut -f1 unmap;do sed -r "s/>([^ ]*)/>${i}_\1/g" $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_full.fa > $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_renamed.fa mv -f $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_renamed.fa $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_full.fa done 这个是单独组装的 如果是混合组装是需要使用bowties将contigs与样本fa重新匹配再注明来源吗

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1 个回答

xun - 电路元件工程师

不需要,到时候直接用salmon比对完以后直接就能获得丰度表
如果确定想要知道的话也可以比对(一般来说没必要)

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  • murakami 提出于 2024-12-17 17:32

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