5 基因家族成员如何取舍,命名?如何查找外显子和内含子结构?

老师们好,我通过下载拟南芥的家族基因序列,用于本地blast我的转录组数据,获得62个含结构域的基因。通过CDD-search确定其中46个基因含有完整的结构域,但有16个基因只有部分结构,如图,黄色标记的是含部分结构域的基因。这些基因我怎么取舍呢?attachments-2018-12-wmMjPUzN5c25bd5d4275a.jpg


如果62个基因都拿来进行下一步分析吗,命名有什么规则吗?我做的是SBP家族,是根据我的unigene的名称排序依次命名呢?还是先将这些基因和拟南芥的SBP基因构建进化树,根据进化树分类结果命名?


二,怎么分析每个基因的外显子和内含子结构呢?


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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

1.无参转录组组装的结果,无法知道内含子外显子,所有这个结构没法分析,要是有参的可以到基因组注释文件gff文件得到基因结构信息;

2.关于基因的命令自己重新编号就行:可参考基因家族文献解读命名方法

3.不完整的基因可以舍弃,也可以不舍弃,写文章的时候说明一下就好了,不用纠结; 但是做分析建议用完整结构域的基因进行;


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