GSEA 富集分析是先对两组之间所有基因的表达差异程度(通常是差异比较的fold change)进行排序,之后再看通路里面的基因在排序上是否有富集,具体看看这里:https://www.omicsclass.com/article/230
所以这里的 minGSSize和maxGSSize 是关心的信号通路等里面基因的数量限制,基因数量太少的和太多的信号通路等不纳入GSEA富集分析;
通常设置 minGSSize =15, maxGSSize=500 ,最后看看你感兴趣的信号通路在不在里面,不在的话再调整一下;