老师，您好，在对细胞亚群聚类分群之后发现有污染，在进行SoupX去除污染的时候发现有的教程是用的seurat对象RNA表达矩阵里面的count，有的使用的data，这两个要选哪个，如果选了data在去除污染之后重新聚类的时候还需要进行标准化吗？还有我在进行去除污染之后发现去除rna以后的矩阵建立的seurat对象相同的细胞nCount_RNA比没有去除之前更多了，这种算正常吗？
没有用过这个软件，建议你看看他的软件说明吧：https://github.com/constantAmateur/SoupX
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