dadi

计算dadi时,用这个命令运行后出现错误:运行命令为:cd annovar

## 根据基因组创建annovar库


gtfToGenePred -genePredExt $gtf unknown_refGene.txt

retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile $fa --outfile unknown_refGeneMrna.fa unknown_refGene.txt

table_annovar.pl $data/goat.recode.vcf ./ -buildver unknown -out snp -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -vcfinputattachments-2025-01-nDkKpxuB678a60fcacca7.PNG

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

建库用的参考基因组,和vcf里面的参考基因组不一致,你检查检查,要用同一套基因组,版本也有相同;

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  • 随风 提出于 2025-01-17 21:54

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