gff3 文件第一列不可能是 基因ID,只能是染色体,或者scaffold ,contig等;你看看文件是不是搞错了。
看看格式说明:https://www.omicsclass.com/article/306
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你这样提问不行,提问你得把你的文件截图贴进来,用QQ或者微信的快捷键都可以截图。有图才有真相。尤其这是生信数据分析,有些问题你描述的不对,我们只有看到你的输入文件、输出文件、报错等截图才能判断问题所在。