组装后的cds.fa文件进行Kegg注释

老师用kegg官方的KofamKOALA进行组装后cds.fa的kegg功能注释和kegg 2000刀收费版下载下来的kegg注释有啥区别。课程里的eggNOG里的KEGG注释和收费的KEGG注释差距大吗，对富集结果影响大吗？

默认排序时间排序

1 个回答

xun - 电路元件工程师 4天前

KofamKOALA和付费购买整个数据库,对于pathway部分没啥区别

eggnog侧重于进化关系来推功能,一般宏基因用这个结果会好一点,坏处是他的数据库老一点
KofamKOALA用的hmm,特异性高,更严格

保守代谢途径基本差不多,物种特异的功能eggnog结果多一点,收费的一般用不上,

对富集基本没影响