重测序分析

我进行重测序分析的时候，执行这个脚本的时候出现这个错误，命令为：

# ############合并GVCF方法2 大量样本 ########################## reseq:v2.0镜像支持，GATK 4.4.0.0

# gatk --java-options "-Xmx20g" GenomicsDBImport \

# -L 4 --tmp-dir $tmpdir -R $REF --batch-size 5 \

# --reader-threads 5 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 5 \

# --genomicsdb-workspace-path db -V p1.g.vcf.gz -V p2.g.vcf.gz -V pool1.g.vcf.gz -V pool2.g.vcf.gz

#样本太多,可以输入列表

cd $workdir/4.snp_indel/GATK

#生成列表

ls *g.vcf.gz |while read a;do s=${a%%.g.vcf.gz} ;echo -e "$s\t$a";done >cohort.sample_map

#导入 db

gatk --java-options "-Xmx100g" GenomicsDBImport \

-L 4 --tmp-dir $tmpdir -R $REF --batch-size 5 \

--reader-threads 5 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 5 \

--genomicsdb-workspace-path db --sample-name-map cohort.sample_map

#将gvcf转换成vcf

gatk --java-options "-Xmx20g" GenotypeGVCFs --tmp-dir $tmpdir -R $REF -O all.raw1.vcf.gz -V gendb://db

默认排序时间排序

1 个回答

每天学习一点点 16小时前

你看下你的gvcf文件里面的染色体编号是不是4，还是chr4或者Chr4，是不一样的