老师您好,我测定的是土壤微生物的宏基因组,在进行物种注释时选择的kraken的标准库,但注释出来可比对的物种注释率较低,好几个样本都低于30%,这样合理吗?如果不合理,我该如何解决呢?

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1 个回答

xun - 电路元件工程师

对于复杂环境来说不算太差,一些微生物可能没有出现在微生物的库里,再加上有的dna年代久远,破损比较严重,

因为物种注释一般是关注属级别以上的,所以还行
然后可以看看数据库的版本,kraken 的更新比较快,要是更新了2,3个版本了,可以尝试下载最新的做一下看看
现在最新的好像是24年底的

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  • 大言子 提出于 1天前

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