老师,我正在做泛基因家族存在缺失分析作图作图这一步,前面由于ID.txt与基因家族列表对应不上,将ID.txt文件按照基因家族列表前缀进行了修改,并排序,但是得到的PAV_draw.list和PAV_gene.list,不确定对不对,且作不出图

老师,我将ID.txt文件按照基因家族列表前缀进行了修改,并排序,之后进行perl /work/scripts/PAV_list.pl -pangenel foxtail_millet.GRASgene.pan-genes.list -spid new_ID2.txt -unigenel  foxtail_millet.GRASgene.uniq.list -fam GRAS得到的PAV_draw.list和PAV_gene.list,为

attachments-2025-04-LoziMMeQ67f1fa96f2121.pngattachments-2025-04-AngnKJuR67f1faa04619f.png

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attachments-2025-04-EUO9tIhS67f1fb4b81b62.png得到的PAV_gene.list就有1970条,但GRAS133一会就有没有数据了,都是空白的,

之后作图,Rscript $scriptsdir/PAV_heatmap.r -i PAV_draw.list -sp 112,得到的图attachments-2025-04-MuIQpyC867f1fbd03ba84.png

请问,问题出在哪里,

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  • Connie 提出于 2025-04-06 12:00