全基因组关联分析GWAS教程中的beagle填充问题

命令为:

cd $workdir  #回到工作目录
mkdir 06.impute
cd 06.impute

beagle -Xmx10g -Djava.io.tmpdir=$TMPDIR gt=$vcf out=all.impute impute=true window=10 nthreads=5

具体报错为:

java.lang.IllegalArgumentException: Sample Line68 has an inconsistent number of alleles. The first genotype is diploid, but the genotype at position Chr2:35902177 is haploid


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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

看这个问题:https://www.omicsclass.com/question/7782

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