flexbar版本：

【课程RNAseq有参转录组数据分析】推荐的版本为2.5版本，参数如下：

flexbar 

--adapter-min-overlap 7 

--adapter-trim-end RIGHT 

--adapters /var/data/work/refs/illumina_multiplex.fa 

--pre-trim-left 13 

--max-uncalled 300 

--min-read-length 25 

--threads 8  

--reads /var/data/demo/data/UHR_Rep1_ERCC-Mix1_Build37-ErccTranscripts-chr22.read1.fastq.gz 

--reads2 /var/data/demo/data/UHR_Rep1_ERCC-Mix1_Build37-ErccTranscripts-chr22.read2.fastq.gz 

--target /var/data/work/2.trimmed_data/UHR_Rep1_ERCC-Mix1_Build37-ErccTranscripts-chr22

在2.2版本中，我重写参数为：

flexbar --adapter-min-overlap 7 --adapter-trim-end RIGHT --adapters /root/demo/refs/illumina_multiplex.fa --phred-pre-trim 13 --max-uncalled 300 --min-readlength 25 --threads 8 --source /root/demo/data/HBR_Rep1_ERCC-Mix2_Build37-ErccTranscripts-chr22.read1.fastq.gz --source2 /root/demo/data/HBR_Rep1_ERCC-Mix2_Build37-ErccTranscripts-chr22.read2.fastq.gz --target /root/demo/data/work/2.trimmed_data/UHR_Rep1_ERCC-Mix1_Build37-ErccTranscripts-chr22 --format fastaq-i1.3

报错为：

我的问题是：

1.我改写的参数是否正确，能够完成相同的任务么？

2.格式中format后面怎么写？

【2018年7月18号下午4点半补充问题】

1.对不起啊，存心大意了

2.修改了之后是这个情况

第二种情况才是我的本意，每次跑出来不对，不知道是不是参数忽略了。  麻烦各位老师了！