老师,我正在做泛基因家族分析的系统发育树构建,在合并完和拟南芥的结构域序列并序列对其修剪后,得到以下的序列,
之后,进行构树,构树过程中,出现以下的过程及警告,请老师帮忙看看是否正常,这些重新序列的编号是否有影响(序列对其修剪后有重复名称已去除),以及我下面的系统发育树这么多是否正常,还是需要筛掉一些?
出现上面的warning可能是序列的相似度太高,如果能排除是测序和注释的错误的话,就继续做就可以了,至于构树的时候你用多少基因去构树,树上就会有多少个基因,树上面展示哪些基因取决于你想说明的生物学问题