根据没有标识转录本是1还是2或3的IDlist基因号名单，在标识了转录本的蛋白质序列文件中搜索，可以把IDlist名单中的所有转录本蛋白序列搜索出来吗？可以改命令达成？这是我的命令seqkit grep -f Nramp_IDlist_final.txt arahy.Tifrunner.gnm1.ann1.CCJH.protein.faa -o Nramp_pep_final.fa 我把IDlist里面名单后面都加了转录本号才搜出来。？

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2 个回答

如意 2天前

我的命令：seqkit grep -f Nramp_IDlist_final.txt arahy.Tifrunner.gnm1.ann1.CCJH.protein.faa -o Nramp_pep_final.fa

怎么修改一下命令，搜索所有IDlist基因号对应的所有转录本t对应的蛋白序列。

rzx 2天前

seqkit grep 命令是根据-f 选项文件中的 ID 提取序列。ID不一致不会提取出来，ID必须一致。