我用了如下命令：

for i in $(cat $workdir/data/data.txt) ; do

for Chr in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7 Chr8 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12; do

  echo "gatk --java-options "-Xmx100g" HaplotypeCaller \

    -R $REF \

    -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \

    -O ${i}.${Chr}.g.vcf.gz \

    --max-alternate-alleles 4 \

    --sample-ploidy 2 \

    -ERC GVCF \

    -L ${Chr} \

    --tmp-dir $tmpdir"

done

done > gvcf.sh

运行 gvcf.sh这个代码后，目前过了16小时，一个样本才只完成了5条染色体（一共12条染色体，一个样本大致是12G的数据量），还是太慢了，我有几百份的样本。老师看有别的方法吗？