请问转录组差异分析里的log2FC是怎么算出来的？

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如题，想自己手算下log2FC

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2 个回答

omics007 2019-01-04 20:22

想得到精确的值是没法自己手动算的，正常是用软件算出来的，需要考虑的因素很多

不过可以自己估算下，分别将组1、组2里3个样品的FPKM值求平均值，然后相除就得到FC值了，然后取log2的对数就行了

如果没有生物学重复，则直接将两个样品的FPKM值相除再取对数即可

但这个算法仅供参考，大概看一下，不是准确值，要以软件算出来的为准

如果需要看懂公司提供的转录组分析结果，建议观看教程：转录组分析结果的解读（适合有参）或者转录组分析结果的解读（适合无参），如果想自己在公司提供标准分析的基础上做些个性化分析，可以观看：转录组标准分析后的数据挖掘，以及转录组高级分析WGCNA：WGCNA-加权基因共表达网络分析。

omicsgene - 生物信息 2019-12-03 10:18

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

高通量转录组里面做差异分析，用edgeR 或者DEseq2等R包分析后，自动就有了fold change 值，不需要自己去计算。