GEO数据处理

attachments-2019-01-yizAFC3S5c316ae36c08f.jpg如果没有找到GPL注释信息,只下载了上传者的GPL数据,那这部分数据是不是就不能用,如果要使用这个GSE数据进行后续分析,那么R语言代码要做什么变化?

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2 个回答

Daitoue

GPL文件的目的是方便进行探针和基因ID相关信息对应,从而方便后续分析,而如果没有官方标准格式的GPL,利用课程代码提取就往往无法实现。但是不表示数据上传者提供的GPL不能用,前提是自己根据文件格式,找到相应信息并自主写出对应的代码进行信息提取即可。

至于代码的变化,前提是根据文件格式,不同格式具体操作不一样。最主要的还是熟练掌握R语言能够活学活用

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 zxlll

下载下来的文件是soft格式,不知道怎么进行相应的改写,老师能大概介绍一下吗?

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  •  zxlll 提出于 2019-01-06 10:43

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