相对于普通转录组测序而言，链特异性转录组测序还具有以下优势：1. 准确性高：因为在建库和测序过程中保留了RNA的方向，因而测序结果可以获得过多有效信息。在进行基因表达量计算和基因结构分析时，能区分正义链和反义链来源的基因，因而更准确；2. 丰富度高：保留RNA的方向信息，可以获得更丰富的转录本信息：可以用有效鉴别反义转录本、对转录本的注释更准确、对转录本的定量更准确、可以发现ncRNA信息
