8 氨基酸序列比对之后，gaps太多，mega一直出错，删除之后依然如此，如何很好构建系统发育树
测了一个物种的基因组，在基因组NR注释库中，找到了一个家族的基因，但是找到氨基酸序列，利用相似物种的该家族基因为参照，建立系统发育树的时候，比对序列gaps太多，删掉gaps之后。依然会出现下面这个情况，请问这种情况怎么可以建立合适的发育树。
请问除了两端的截齐之后，中间有gaps的区间也可直接截齐删除。
最佳答案 2019-01-16 11:39
氨基酸序列太多差异太大，首先看看找的序列是否有正确。
如果正确，建议中间的gap也删除一下，或者你找的这些序列有共同的结构域，建议用相同的结构域序列构建进化树；
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