5 关于构建进化树的序列问题
我做的是无参的物种，用的公司测序给的pep文件，但是有两个pep文件，一个是blast比对到的，一个是estscan预测到的，我将两个文件合起来，参照基因家族分析实操课程中的过程构建了系统发育树，但是从结果来看家族基因成员都比较分散，很多都只是两三个在同一分支下，请问是否应该只用blast比对到的pep结果来分析？（之前公司给了一份该家族的整理文件，有进行成员的分类，但比我自己用模型搜索的成员多一倍，这个也比较疑惑，请问应该以哪个为准？）
最佳答案 2019-01-15 15:05
你的两个蛋白质文件，不是我们做的转录组，我们不清楚，不能帮你决定取舍；
构建进化树，成员比较分散，不同基因家族分类标准不一样，建议你看看类似文章；
最后，公司分析注释的都是比较简单的功能注释，我们的课程是详细认真的鉴定基因家族基因，所以说：自己手动鉴定的更准确；不然就没有做的必要了；
如果觉得我的回答对您有用，请随意打赏。你的支持将鼓励我继续创作！
