关于circos图绘制问题

attachments-2019-01-z88gqcKu5c41865c63e6a.jpg这是我通过虚拟机绘制完成的circos,但是绘制完成后就回出现向上图中的类似断线的情况,刚开始我认识可能是这两个基因位置挨的特别近所以导致两个基因的连线会看起来像是断线,但是我后来查了一下筛选的串联基因文件发现这两个基因并没有串联关系,请问一下这个是什么情况呢。具体要怎么解决。

attachments-2019-01-GCKw0gIZ5c41893e752a7.jpg断线就如同上述所示,蓝色圆圈圈出来的。

attachments-2019-01-GYKOe3185c418e471b824.jpg找到原因了,确实是两个基因挨的很近然后链接又回来了。但是我看了一下我的text文件和link文件都没有问题,但是图中却没有显示那个基因名字和位置,只显示了它的连线。这也是以为断线的原因,那老师为什么这个基因名字会不出现呢。

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2 个回答

Daitoue

确认一下,对应这个位置涉及的几个link关系,关系不多排除一下就大概能知道了,一般都是相邻原因造成了

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omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

检查你的links文件,里面是不是有一行位置重复链接到了自己,或者有一行两个基因挨的很近,所以链接又回来了;

然后就出现上面的情况;



基因名字重叠,只显示一个:可以参考这篇文章:https://www.omicsclass.com/article/644

添加设置这个参数:

attachments-2019-01-1Uh28tEK5c419270466c1.jpg

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