从截图看不出问题,我这只能推测:你的gff文件有可能有问题,检查一下:
1.gff文件是否包含两个物种的所有基因位置信息;
2.看你的染色体是数字,如果两个物种的染色体都是数字,应加个前缀对染色体进行区分;
H1,H2......
T1,T2......
3.用下MCScanX吧,更方便些:《MCScanX安装和使用》
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