你确认一下AT.gff 中是否包含family.ctl中的8条染色体，并确认一下染色体ID是否一致。
5 MCSCANX共线性图代码报错,看了其他提问和回答没能解决。
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报错信息：Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException
at family_circle_plotter.paint(family_circle_plotter.java:197)
at family_circle_plotter.main(family_circle_plotter.java:334)
有看到相同的问题，于是检查了自己文件内容格式及路径
AT.gff 以及 AT.collinearity
下面是他们的路径
还有两个文件及其路径MAD-box-family.txt family.ctl
恳求老师帮忙看下问题所在。
谢谢老师。
