我想预测基因的顺式调控元件

但目前研究的物种并没有完整的染色体基因组信息

（下面是拟南芥的，完整的基因组信息）

（下面是我研究的物种的，只有scaffold片段）

die "perl $0 <genome.fa> <weizhi.txt> <OUT> " unless(@ARGV==3 );

use Math::BigFloat;

use Bio::SeqIO;

use Bio::Seq;

$in = Bio::SeqIO -> new(-file => "$ARGV[0]",

                                  -format => 'Fasta');

$out = Bio::SeqIO -> new(-file => ">$ARGV[2]",

                                  -format => 'Fasta');

my %keep=() ;

open IN,"$ARGV[0]" or die "$!";

my%ref=();

while ( my $seq = $in->next_seq() ) {

     my($id,$sequence,$desc)=($seq->id,$seq->seq,$seq->desc);

         $ref{$id}=$seq;

}

$in->close();

open IN,"$ARGV[1]" or die "$!";

while (<IN>) {

chomp;

next if /^#/;

my @a= split /\t/;

my$seq=$ref{$a[1]};

print "$a[1]";

     if( $a[4]  eq "-" ){

      $str=  $a[3]+1;

  $end=$a[3]+500;

              my$seq_string=$seq->subseq($str,$end);

              my$newseqobj1=Bio::Seq -> new(-seq => $seq_string,

-id => "$a[0]"

               ) ;

            my$reseq = $newseqobj1 ->revcom();

            $out->write_seq($reseq);     

     }elsif ( $a[4]  eq "+" ){

              $str=  $a[2]-500;

  $end=$a[2]-1;

               my$seq_string=$seq->subseq($str,$end);

               my$newseqobj1=Bio::Seq -> new(-seq => $seq_string,

               -id => "$a[0]"

               ) ;

            $out->write_seq($newseqobj1);          

     }

}

close (IN);

$in->close();

$out->close();